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El Trastorno Afectivo Bipolar es una enfermedad de origen cerebral, determinada por una vulnerabilidad genética y gatillada generalmente por estresores ambientales
Respecto a los factores genético-biológicos como causa de esta enfermedad, no se han encontrado los genes responsables. No obstante, se plantea que la sensibilidad a los eventos estresantes de la vida parece estar bajo control genético. En este sentido, en una persona que presenta una predisposición o vulnerabilidad biológica, que se ve expuesta a estresores repetitivos e intensos, se inducen alteraciones químicas cerebrales que conllevan el desarrollo de la bipolaridad. De esta forma, con el tiempo, nuevos estresores ambientales inducen las crisis propias de la enfermedad, e incluso éstas pueden aparecer espontáneamente, dado que la neurona queda muy sensibilizada. En este sentido, la enfermedad toma una evolución más autónoma, muchas veces independiente de los estresores ambientales, pues éstos tendrían una mayor importancia en el origen de los episodios maniaco depresivos.
Los cambios químicos que se producen en el cerebro consisten en una alteración de los neurotransmisores, es decir, en las sustancias que se ubican en la unión de dos neuronas. La serotonina, por lo general, se encuentra disminuida. Esta sería la responsable de la baja de ánimo y de conductas que pueden ser impulsivas. La noradrenalina estaría baja en los episodios depresivos y alta en lo episodios maníacos. La dopamina, otro neurotransmisor comprometido, se encuentra aumentada en los maníacos.
Estas sustancias químicas gatillan una serie de cambios dentro de la neurona que se traducen en modificaciones de la estructura neuronal y de sus conexiones con otras neuronas. De esta forma, si la enfermedad no es tratada, o es tratada tardíamente, podría provocar algún deterioro cerebral . En algunos pacientes existe un compromiso en estructuras encargadas de la expresión, procesamiento y control de las emociones y afectos.